清朝初期，康熙皇帝尚且年少，奸臣從中控制政權，民不聊生。“天地會”是一個推翻清朝的民間組織。“天地會”首領陳近南（劉松仁 飾）在一次行動中幸得韋小寶（周星馳 飾）相救，小寶就此加入天地會，被派到王宮當臥底，偷取藏有清朝秘密的四十二章經。聰明機靈的小寶很快便成為了皇上的心腹，做了大官。小寶陷入了兩難的狀態，他既要執行任務卻又跟皇帝成為了好朋友。就在小寶想要逃走之際，師父陳近南也找到了他，並派人監視他回到王宮。不久，小寶便受到了鰲拜同盟以及假太后的追殺，與天地會的人大戰起來。