1945年，遊學歸來的刑偵專家程慈航，在碼頭遭遇險情，多方勢力為爭奪一隻鐵箱大開殺戒。這隻鐵箱裡，存放著日軍細菌武器的絕密檔案。警察廳廳長莫採石將鐵箱存放在了檔案館密室內，卻在夜裡檔案被盜，案情從此撲朔迷離。程慈航獲悉此案事關日軍細菌武器，向“叔叔”莫採石請戰，總署刑偵警察局局長霍然隨即特聘程慈航為布衣偵探。程慈航上任後，很快找到蛛絲馬跡，順藤摸瓜接連捕獲重大線索，然而他卻處處受阻，總有人搶先一步將相關人員殺人滅口，幕後黑手究竟是誰？這個丟失的檔案又究竟在哪裡？程慈航究竟如何破解迷局，一切盡在答案盡在《曇花夢》裡。