《異獸魔都》故事發生在人類與魔法師勢不兩立的兩個世界中。人類居住在名為「洞穴」的城市中，而崇拜惡魔的魔法師則居住在「魔法師的世界」中。魔法師稱人類為「廢物」，人類則稱魔法師為「怪物」，彼此仇視。魔法師利用自己的魔法制造出連通兩個世界的「門」，以「洞穴」的人類作為練習魔法的實驗品，而飽受其害的洞穴居民亦大肆反抗著魔法師。主人公開曼就是「洞穴」的魔法被害者之一，開曼因為魔法的緣故頭部變成了蜥蜴，同時失去了一切記憶。然而開曼的身體卻因此擁有魔法無效的免疫力。為了追尋記憶並恢復原來的長相，開曼與好友二階堂開始了狩獵魔法師的行動。而「魔法師的世界」的殺手也出現在「洞穴」中，廝殺一觸即發……