1939年內蒙古與東北交界處的荒漠。抗日英雄華雲龍與漢奸土匪交戰，發現隸屬日軍"731部隊"的人體試驗室"208防疫站"，正在用中國人試驗可怕的"二號病毒"並用之製成細菌炸彈。為了粉碎日軍陰謀，打擊投敵的土匪，華雲龍與國民政府特派員周曉英一同深入幾股土匪的聚集地五龍鎮。周曉英想收編這些土匪為己所用，為此大耍手段。華雲龍要消滅土匪和日軍試驗室，孤軍奮戰，百折不撓。二人鬥智鬥勇，又相互敬佩。最終，華雲龍帶領抗日武裝，與日軍和老套筒、東山好等幾股土匪展開艱苦卓絕的戰鬥。大漠深處，鐵路線上，208防疫站，處處都是他們的戰場。華雲龍的勇氣和毅力鼓舞著戰友們，幾番折挫，幾番奮起，最後，他帶領著同志們與漢奸土匪在五龍鎮展開決戰，終於消滅了這幾股投敵賣國的匪幫，剷除日軍試驗室，將"二號病毒"燒為灰燼 。